
Le Timor oriental tente de tirer un trait sur les violences passées et de centrer ses efforts sur la reconstruction, le développement et la réconciliation, avec l’aide de la communauté internationale. Depuis 1999, le Service d’aide humanitaire de la Commission européenne (ECHO), a débloqué près de €47 millions d’aide d’urgence en faveur des victimes les plus vulnérables et en réponse à des niveaux de malnutrition inquiétants.

Au printemps 2006, des émeutes et des manifestations violentes ont éclaté à Dili, la capitale, après une importante démobilisation de soldats dans l’armée. Le pays a connu une très grande instabilité depuis le référendum sur l’indépendance de 1999. Les tensions se sont rapidement amplifiées entraînant un accès de violences qui a contraint près de 100 000 personnes à abandonner leur foyer.
Fin octobre 2008, on estimait que 40 000 personnes étaient encore déplacées. Sur ces 40 000, un peu moins de 20 000 vivaient encore dans des camps, dans des conditions difficiles.
En réponse, le Service d’aide humanitaire de la Commission européenne a focalisé son intervention sur le support au retour et à la réintégration des déplacés et a également continué d'assurer l'accès à une eau salubre et à des installations sanitaires appropriées dans les camps et les abris transitoires, l'intendance des camps, la protection et le transport des PDIs, les rations alimentaires pour les rapatriés, les soins de santé et la protection des enfants. La Commission a consacré €7,8 millions à ces opérations depuis juin 2006.
Depuis fin 2007, le gouvernement encourage les familles déplacées à rentrer chez elles en leur proposant une assistance financière. En octobre 2008, près de 9 000 familles avaient accepté cette assistance et vingt-six des quarante-sept camps ont pu être fermés. Par ailleurs, le gouvernement développe des solutions à long terme pour les personnes qui n’ont plus de foyer. De 1999 à 2002, suite à la vague de violences et d’exactions liée au référendum de 1999 et qui avait engendré des besoins humanitaires considérables, la Commission avait octroyé €39 millions au Timor oriental. Cette aide avait progressivement pris fin en 2002 lorsque des projets de développement financés par la Commission européenne et d’autres donateurs avaient été lancés.
En 2003, des pénuries alimentaires chroniques combinées à des perturbations climatiques ont considérablement aggravé le niveau de malnutrition dans tout le pays. Le gouvernement a décidé de demander une aide alimentaire d’urgence pour faire face à cette situation.
La Commission a soutenu des programmes d’éducation nutritionnelle et d’alimentation complémentaire afin de venir en aide à des milliers d'enfants et de femmes enceintes et allaitantes. Une composante importante de ce combat contre la malnutrition était l'amélioration des mesures d'hygiène et la construction de puits et de latrines afin éviter la propagation de maladies.
Avec son programme de préparation aux catastrophes (DIPECHO), la Commission aide également les communautés vulnérables à appréhender et à évaluer les risques auxquels elles sont exposées, et à prendre les mesures préventives appropriées afin de limiter ceux-ci. Ces mesures s'adressent essentiellement aux risques d'inondations, de glissements de terrain et de sécheresses.